Ngoài biểu hiện chủ yếu ở bộ phận sinh dục thường là niệu đạo, bệnh có thể lan tràn khắp nơi như: da, khớp, nội tâm mạc, họng, hậu môn…

Vi khuẩn lậu tồn tại và sinh sôi thuận lợi nhất ở cơ quan sinh dục cả nam lẫn nữ. Ngoài ra có thể tìm thấy vi khuẩn lậu ở hậu môn, hạnh nhân vùng họng. Ở các bộ phận khác của cơ thể, nhất là những vùng da khô ráo hoặc ở ngoài cơ thể người, vi khuẩn lậu chỉ sống sót được trong một thời gian ngắn.

Điều này lý giải vì sao hơn 90% lây truyền lậu là do quan hệ tình dục. Khoảng dưới 10% qua các đường khác thường là: trẻ sơ sinh bị viêm kết mạc mắt do lậu qua âm đạo người mẹ bị lậu; trẻ gái bị viêm âm hộ, âm đạo do lậudo bò dưới đất hoặc qua quần áo nhiễm lậu; lậu mắt do tay dơ nhiễm lậu; hôn sâu có thể lây lậu nếu vùng họng nhiễm lậu. Ngoài ra có thể thấy lây qua việc dùng chung khăn tắm, quần áo lót có dính mủ niệu đạo, âm đạo của người bị lậu nhưng tỉ lệ mắc bệnh theo hình thức lây lan này rất thấp.

Bệnh lậu ở nam giới, thường sau thời gian ủ bệnh sau khi bị lây nhiễm 3-5 ngày, có những triệu chứng cấp tính như tiểu đau buốt, ra mủ vàng đặc ở niệu đạo, có thể sốt, nổi hạch bẹn…Nếu không điều trị hoặc điều trị không đúng, sau 1-2 tháng, bệnh chuyển sang giai đoạn mãn tính với rất ít triệu chứng như tiểu chỉ hơi gắt nhẹ, buổi sáng có ít dịch đục tiết ra niệu đạo, nhưng đây là giai đoạn gây nhiều biến chứng như hẹp niệu đạo, viêm tuyến tiền liệt, viêm ống dẫn tinh, viêm mào tinh hoàn - tinh hoàn, vô sinh… Vì vậy vấn đề quan trọng là chẩn đoán sớm và điều trị đúng phác đồ để điều trị dứt điểm và tránh biến chứng. Chẩn đoán và điều trị bệnh lậu giai đoạn mãn tính khó khăn hơn nhiều.

Ngoài ra cần phân biệt viêm niệu đạo do lậu với những tác nhân khác, thường gặp nhất là Chlamydia trachomatis. Trong trường hợp nghi ngờ hoặc không có điều kiện xét nghiệm thì nên điều trị cả hai: lậu và Chlamydia trachomatis.